第一，腸結(jié)核，腸外結(jié)核癥狀多見；克羅恩病則一般沒有腸外結(jié)核的表現(xiàn)。
第二，腸結(jié)核復(fù)發(fā)不多；克羅恩病病程較長(zhǎng)，緩解與復(fù)發(fā)交替。
第三，腸結(jié)核一般少見瘺管，腹腔膿腫以及肛周病變；而克羅恩可以有瘺管，腹部包塊以及肛周病變。
第四，腸結(jié)核一般沒有病變的節(jié)段性分布；克羅恩病常有節(jié)段的腸道的病變分布。
第五，腸結(jié)核患者的潰瘍通常橫行、淺表而不規(guī)則；克羅恩病患者的潰瘍多為縱行、裂隙狀。
第六，腸結(jié)核患者結(jié)核菌素試驗(yàn)陽(yáng)性；而克羅恩病患者結(jié)核菌素試驗(yàn)為弱陽(yáng)性。
第七，腸結(jié)核患者經(jīng)抗結(jié)核治療后，癥狀可以明顯改善，腸道病變好轉(zhuǎn)；而克羅恩病患者，經(jīng)過抗結(jié)核治療后，癥狀沒有明顯改善，腸道病變也沒有好轉(zhuǎn)。
第八，腸結(jié)核患者病理學(xué)檢查，可以看到結(jié)核分枝桿菌，而且也可以看到干酪樣壞死；而在克羅恩病患者中，沒有上述的病理變化。
