在HIV感染的急性期，大量攜帶了一些病毒的淋巴細(xì)胞和巨噬細(xì)胞，穿過(guò)血腦屏障進(jìn)入中樞神經(jīng)系統(tǒng)，由于病毒不會(huì)引起巨噬細(xì)胞死亡，可以長(zhǎng)期潛伏在受感染的細(xì)胞當(dāng)中，并且繼續(xù)感染小膠質(zhì)細(xì)胞和一些少量的新型膠質(zhì)細(xì)胞。
病理學(xué)改變可以看到一些血管周?chē)嗪司藜?xì)胞形成的一個(gè)為主要表現(xiàn)的腦炎，也稱(chēng)為HIV腦炎和神經(jīng)突觸減少以及神經(jīng)元新型膠質(zhì)細(xì)胞凋亡的一些表現(xiàn)，誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的中心環(huán)節(jié)就是HIV通過(guò)新型家族趨化因子作用來(lái)破壞細(xì)胞，再由這些細(xì)胞介導(dǎo)中樞神經(jīng)細(xì)胞系統(tǒng)的一個(gè)炎癥反應(yīng)，研究提示患者的腦組織當(dāng)中多種趨化因子，細(xì)胞因子和炎性因子的含量是升高的，影響了神經(jīng)細(xì)胞的功能，導(dǎo)致了一個(gè)病理性的損害。
目前認(rèn)HIV對(duì)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)損害主要機(jī)制就是廣泛、彌漫的一個(gè)免疫激活和炎癥反應(yīng)，但是對(duì)某些部位的損害可能更加突出，比如小機(jī)體結(jié)、腦干，白質(zhì)區(qū)，額顳葉和海馬溝回等等，那么這些神經(jīng)解剖學(xué)特點(diǎn)決定了HIV感染所致神經(jīng)認(rèn)知障礙的主要臨床表現(xiàn)，并指導(dǎo)著診斷的思路。
